Selain berperan sebagai pencuci mulut, cincau hitam juga bermanfaat untuk kesehatan. Khasiat tersebut terkait erat dengan kandungan serat larut air (soluble dietary fiber) yang terdapat di dalamnya. Di dalam tubuh, serat larut air dapat mengikat kadar gula dan lemak/kolesterol, sehingga bermanfaat untuk mencegah penyakit diabetes melitus, jantung, stroke, dan penyakit kardiovaskular lainnya. Selain itu, cincau hitam juga mengandung nilai gizi yang cukup baik, terutama jika ditinjau dari kandungan mineral dan vitaminnya. Namun, cincau hitam (produk jadi) merupakan bahan makanan yang sangat minim kandungan gizinya.

Kandungan terbesar adalah air, hampir mencapai 98 persen. Mengingat dalam proses pembuatannya ditambahkan mineral dan pati, cincau hitam mengandung sejumlah mineral dan karbohidrat dalam jumlah lumayan. Cincau hitam mengandung kalori lebih banyak daripada cincau hijau, 100 gram cincau hitam mengandung 122 kalori, 6 gram protein, 1 gram Lemak, 26 gram karbohidrat, dengan vitamin C dan vitamin A yang rendah. Air cincau hitam tersebut direbus janggelan kering sehingga diperoleh ekstrak yang berwarna hitam. Ekstrak cincau mengandung senyawa fenol 17.3 persen, steroid 0.23 persen, flavoid 1.34 persen dan asam kafeat 50.14 ppm. Bahan-bahan tersebut merupakan senyawa bioaktif yang berfungsi untuk anti oksidan.

Dari hasil penelitian ditemukan bahwa ekstrak air cincau hitam bersifat imunomudolator, yaitu dapat meningkatkan sistem daya tahan tubuh dalam keadaan sehat maupun sakit. Selain itu, ekstrak cincau hitam bersifat kemoproventif terhadap proses karsinogenesis yang mampu mencegah dan menghambat pertumbuhan kanker dengan sistem imuno. Cincau hitam juga mengandung antioksidan kuat yang efeknya lebih ampuh daripada vitamin E yang selama ini dipuji sebagai antioksidan kuat. Pada konsentrasi yang sama, yaitu 50 mg/ml, diketahui bahwa ekstrak cincau hitam memiliki aktivitas antioksidan yang lebih kuat dibandingkan vitamin E, yaitu masing-masing sebesar 98,9 persen dan 78 persen.

Secara tradisional, masyarakat Indonesia sudah meyakini cincau hitam baik untuk kesehatan.